Bei der real-time PCR (kurz qPCR) wird die Menge des amplifizierten PCR-Produktes über das Fluoreszenzsignal einer spezifischen Sonde in Echtzeit über das optische System des Thermocyclers gemessen und aufgezeichnet. Die Vorteile dieser Methode gegenüber der konventionellen PCR liegen u.a. in der erhöhten Sensitivität, der geringeren Kontaminationsgefahr und in der Zeitersparnis, da eine Gelelektrophorese nicht mehr notwendig ist.